魁!!クロマティ高校の無料動画と見逃し再放送・再配信はこちら | アニメ見逃したらYouTube無料動画まとめ！ネットフリックス・アマゾンプライム・Anitubeで視聴可能？【セントラル動画ナビ】

東京都立クロマティ高校、そこは選りすぐりの不良達が揃う、「ワルのメジャーリーグ」とも言われるほど恐れられている高校である（そして驚くほどのバカぞろいでもある）。

主人公・神山高志は優等生ながらも、中学時代に助けてもらった親友と同じ高校に行くため「引き算ができれば入学できる（しかも面接がない）」というクロマティ高校を受験したのであったが、なんとその親友は不合格となってしまったため、結局神山1人が入学してしまう。それでも挫けず通っている内に、究極のバカ林田慎二郎や影の薄い前田彰、茶筒型のロボット番長メカ沢新一や、高校生なのか日本語が通じるのかすらわからないフレディ、それどころか明らかに本物のゴリラであるゴリラ（豪ヒロミ）、喧嘩は強いが乗り物に弱い竹之内豊、大財閥の息子・北斗武士と名前を名乗ろうにも必ず妨害が入るため名前を名乗れない子分など、クセの強い友人や仲間が増えてゆき、この異常な学校にも馴染んでいった。彼らと共に学校生活を送るうち、神山の校内における立場も向上していく。

そんな中で、クロ高と敵対するバース高校の不良に捕らえられた前田を救出に向かったり、修学旅行の飛行機をハイジャックされてしまったり、唐突に野球部を結成してみたり、林田が謎の地底帝国で迷ったり、相撲部に参加したりなど、奇抜な高校生活をそれぞれ満喫するようになっていく。