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【マザーズ･ロザリオ編】ある日、アスナはリズベットから奇妙な噂を聞く。新マップ《浮遊城アインクラッド》、その第24層主街区北部に現れる謎のアバターが、自身の持つ《オリジナル・ソードスキル》を賭けた、1対1の決闘(デュエル)で、相手となったプレイヤー全てを蹴散らしているというのだ。あのキリトすらも打ち負かした《絶剣》と呼ばれるそのアバターにアスナも決闘(デュエル)を挑むのだが、結果、紙一重の差で敗北してしまう。しかし、その決闘(デュエル)が終わるやいなや、《絶剣》はアスナを自身のギルドに誘い始めた。《絶剣》と呼ばれるほどの剣の冴え。そこには、ある秘密が隠されていた――。

【キャリバー編】《ALO》伝説の聖剣《エクスキャリバー》。その獲得クエストがついに始まった。妖精王オベイロンとの対決の際、管理者権限を用い一度だけ手にした伝説級武器(レジェンダリーウェポン)を本当の意味で手に入れるため、キリトはいつものメンバーに、新たに《ALO》でキャラを作ったシノンを加えた7人パーティを組み、クエストに挑む。しかし、そのクエストには、《ALO》の世界そのものすらも揺るがす壮大な裏イベントが待ち受けていた……!

【ファントム・バレット編】《SAO》事件から一年が経ったある日、キリトは、総務省《仮想課》の菊岡誠二郎から奇妙な依頼を受ける。それは、銃と鋼鉄のVRMMO《ガンゲイル・オンライン(GGO)》で突如発生した怪現象《死銃(デス・ガン)》事件の捜査であった。漆黒の銃を持つ謎のアバターに撃たれたプレイヤーは、実際に現実世界でも《死》に至る……。その不気味な事件の捜査を断り切れなかったキリトは、《仮想世界》が《現実世界》へ物理的に影響を及ぼすことに疑いを抱きつつも、《GGO》へとログインする。《死銃》の手懸かりを掴むべく、不慣れなゲーム内を彷徨うキリト。そんな彼に救いの手を差し伸べたのは、長大なライフル《ヘカートII》を愛用するスナイパーの少女・シノンだった。彼女の力を借りたキリトは、自らがターゲットとなって《死銃》との接触を試みるべく、全ガンナーの頂点たる対人トーナメント《バレット・オブ・バレッツ》に挑む……。